Привържениците им твърдят, че технологията ще изхрани света, а защитниците на устойчивото земеделие се опасяват, че ГМО ще изместят местните и дивите популации на такива решаващи за оцеляването на човечеството култури, като царевица, ориз, пшеница, риба и др. Според един скорошен доклад на биолога Ричард Хауърд от университета „Пардю” генетично изменената риба има потенциала да замени някои диви рибни популации. Хауърд и колегите му присадили гени на растежа на сьомга върху медака – дребен японски сладководен вид, който се размножава бързо. Открили, че мъжките манипулирани екземпляри растат по-бързо от дивите и прогонват дивите мъжки през размножителния период. В резултат по-големите по-ефективно разпръскват хайвера си. Поколението на модифицираните обаче има по-малка вероятност да оцелее до порастване. Учените наричат това „ефект на троянския кон".
Ако генно модифицирана риба избяга на свобода и измести местната, това може да застраши целия вид от изчезване. Според доклад на британската Камара на общините за разпределение на ГМО в Северна Америка и САЩ на 2/3 от посевите са замърсени от генно модифициран материал. Докладът твърди, че „замърсяването с ГМО … е ендемично за системата” и добавя още, че „невнимателното замърсяване на традиционни растителни видове с генетично изменени ни пречи да разберем сложната технология, която манипулира живота на по-елементарно равнище”.

Проблемът е, че след като ГМО веднъж замърсят местните семена, процесът не е възможно да бъде обърнат, тъй като ще се промени самата природа на семената завинаги. Много скоро замърсяването може да достигне до растения, които не се ядат; медицинските растения например се манипулират с цел производство на ваксини и лекарства. Освен това замърсяването на запасите от семена премахва мрежата за сигурност, която светът би имал, ако се окаже че защитниците на ГМО не са прави. Семената ще бъдат единствения ни ресурс, ако вярата в безопасността на генното инженерство се окаже погрешна. Нашата възможност да променим курса, ако генното инженерство тръгне по грешен път, ще бъде силно ограничена.